Ny kapacitet för spårningen av Covid-19
För att förenkla övervakningen av covid-19 i samhället och bevaka spridningen av mutationer av viruset, startas nu en unik databas vid Göteborgs universitet. Här ska stora mängder data om viruset samordnas och delas mellan sjukhus och lärosäten i hela Sverige, och med Folkhälsomyndigheten.
Vem får tillgång till innehållet?
Regioner som ingår i samarbetet och som kommer ha tillgång till datan är regionerna i Västra Götaland, Östergötland, Skåne, Örebro, Stockholm, Uppsala, Västerbotten. Data kommer även delas med Folkhälsomyndigheten.
Hur är servern uppbyggd och hur används den?
All data kommer finnas på en samling av servrar med stora mängder minne. Extremt snabba switchar binder samman dem och datalagret. Miljoner filer och mängder med metadata om covid-19 kommer finnas lagrade ostrukturerat i datasjön, men redo att ”fiskas upp” så att forskare, smittskyddsläkare och kliniska mikrobiologiska labb ska kunna vaska fram svar på frågor. Uppgifterna kan inte kopplas till någon enskild person.
Inom fordonsindustrin och bankvärlden används denna teknik för att hitta trender i stora mängder data, för maskininlärning och för att hålla koll på transaktioner. Men inom medicinsk forskning och hälso- och sjukvård är detta unikt i Sverige, menar Per Sikora.
Vem står bakom databasen?
Core Facilities vid Göteborgs universitet köper in och förvaltar infrastrukturen på uppdrag av Genomic Medicine Sweden (GMS), som är en del av SciLifeLab. Både GU och VGR har ett nationellt uppdrag via GMS att utveckla informatik och IT-infrastruktur inom genomic.
Databasen är första steget för att bygga upp nästa generation infrastruktur för translationell forskning och diagnsotik. Detta är en grundbult som kan byggas vidare på oändligt och kommer kunna stödja nästan alla genomikdata som genereras i hela Sverige i framtiden.