Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

V-Xtractor: An open-sourc… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

V-Xtractor: An open-source, high-throughput software tool to identify and extract hypervariable regions of small subunit (16 S/18 S) ribosomal RNA gene sequences

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Martin Hartmann
Charles G. Howes
Kessy Abarenkov
William W. Mohn
R. Henrik Nilsson
Publicerad i Journal of Microbiological Methods
Volym 83
Nummer/häfte 2
Sidor 250-253
ISSN 0167-7012
Publiceringsår 2010
Publicerad vid Institutionen för växt- och miljövetenskaper
Sidor 250-253
Språk en
Länkar www.sciencedirect.com/science?_ob=A...
Ämnesord Software; SSU rRNA sequences; Hypervariable regions; High-throughput sequencing; Hidden Markov Models; HMMER
Ämneskategorier Mikrobiologi, Bioinformatik och systembiologi, Terrestrisk ekologi, Limnisk ekologi, Marin ekologi, Biologisk systematik, Bakteriologi, Klinisk bakteriologi, Medicinsk mikrobiologi, Oral mikrobiologi, Markbiologi

Sammanfattning

V-Xtractor (http://www.cmde.science.ubc.ca/mohn/software.html) uses Hidden Markov Models to locate, verify, and extract defined hypervariable sequence segments (V1-V9) from bacterial, archaeal, and fungal small-subunit rRNA sequences. With a detection efficiency of 99.6% and low susceptibility to false-positives, this tool refines data reliability and facilitates subsequent analysis in community assays.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?