Till sidans topp

Sidansvarig: Webbredaktion
Sidan uppdaterades: 2012-09-11 15:12

Tipsa en vän
Utskriftsversion

A Comprehensive FXR Signa… - Göteborgs universitet Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

A Comprehensive FXR Signaling Atlas Derived from Pooled ChIP-seq Data.

Artikel i vetenskaplig tidskrift
Författare Emilian Jungwirth
Katrin Panzitt
Hanns-Ulrich Marschall
Martin Wagner
Gerhard G Thallinger
Publicerad i Studies in health technology and informatics
Volym 260
Sidor 105-112
ISSN 1879-8365
Publiceringsår 2019
Publicerad vid Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin
Sidor 105-112
Språk en
Länkar www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...
Ämneskategorier Gastroenterologi

Sammanfattning

ChIP-seq is a method to identify genome-wide transcription factor (TF) binding sites. The TF FXR is a nuclear receptor that controls gene regulation of different metabolic pathways in the liver.To re-analyze, standardize and combine all publicly available FXR ChIP-seq data sets to create a global FXR signaling atlas.All data sets were (re-)analyzed in a standardized manner and compared on every relevant level from raw reads to affected functional pathways.Public FXR data sets were available for mouse, rat and primary human hepatocytes in different treatment conditions. Standardized re-analysis shows that the data sets are surprisingly heterogeneous concerning baseline quality criteria. Combining different data sets increased the depth of analysis and allowed to recover more peaks and functional pathways.Published single FXR ChIP-seq data sets do not cover the full spectrum of FXR signaling. Combining different data sets and creating a "FXR super-signaling atlas" enhances understanding of FXR signaling capacities.

Sidansvarig: Webbredaktion|Sidan uppdaterades: 2012-09-11
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?