Biomolecular NMR: Advanced tools, Machine learning

Plats:     Svenskt NMR-centrum, Göteborgs Universitet, Sverige
                Webinarier & NMRbox.org

Målgrupp:     Doktorander och forskare med projekt som involverar proteinkarakterisering med NMR

Format:  Föreläsningar, diskussioner och praktiska övningar

Organisatörer och kontaktpersoner: Vladislav Orekhov, Göran Karlsson; Inst. för kemi och molekylärbiologi & Svenskt NMR-centrum, Göteborgs universitet, Sverige; Ilya Kuprov, University of Southampton, UK

Registrering:   registrering är gratis; skicka kontaktinfo och motiveringsbrev för att ta del av kursen (max en sida) till vladislav.orekhov [at] nmr.gu.se,  deadline – 14 Aug 2023;                    

Antalet platser på de praktiska övningarna är begränsade. 

Subventionerat boende i dubbelrum finns. Indikera intresse för detta vid ansökan.

Lärare:    

Simon Bruderer (Bruker BioSpin, Switzerland)

Vladislav Orekhov, Amir Jahangiri (University of Gothenburg, Sweden)

Rafael Bruschweiler, Dawei Li (Ohio State University, USA)

D. Flemming Hansen,  (UCL, London, UK)

Ilya Kuprov, (University of Southampton, UK) 

Xiaobo Qu, (Xiamen University,  China)

Giulio Tesei, (University of Copenhagen, Denmark)

Björn Wallner (Linköping University, Sweden)

Hannah K. Waymen t-Steele (Brandeis University, USA)

Ämnen:

Machine Learning basics
AlphaFold  for protein structure and dynamics
Conformational ensembles of the human IDP proteome
NUS spectra by neural networks
Non-stationary NMR
NMR spectral analysis by machine-learning techniques
Advanced database searching

Program minikonferens 27:e Sept 2023

09.40 – 10.00 Kaffe

Session I, Chair: Göran Karlsson (University of Gothenburg, Sweden)
10.00 – 10.30 Title TBA. Simon Bruderer, (Bruker Biospin, Switzerland)

10.30 – 11.00 The functional dynamics of K-Ras and its G12C and G12D oncogenic mutants. Rafael Bruschweiler, (Ohio State University, USA)

11.00 – 11.30 Predicting alternate conformational states with AlphaFold2 and sequence clustering. Hannah K Wayment-Steele (Brandeis University, USA)

11.30 – 12.00 Magnetstein. Quantitative NMR mixture analysis robust to low-resolution, disturbed lineshapes, and peak shifts. Krzysztof Kazimierczuk (University of Warsaw, Poland)

12.00 – 13.20 Lunch

Session II, Chair: Krzysztof Kazimierczuk (University of Warsaw, Poland)
13.20 – 13.50 Title TBA. Ilya Kuprov, (University of Southampton, UK)

13.50 – 14.20 Beyond traditional NMR signal processing with Deep Learning. Vladislav Orekhov, (University of Gothenburg, Sweden)

14.20– 14.50 Conformational ensembles of the intrinsically disordered proteome. Giulio Tesei, (Copenhagen University, Danmark)

14.50– 15.20 Using deep learning to unleash the full potential of NMR spectroscopy. D. Flemming Hansen, (UCL, London, UK)