Hybridseminarium: Practical and theoretical considerations using digital sequencing in liquid biopsy analysis (SiMSen-seq)

SiMSen-Seq är en teknologi som erbjuder digital upplösning med nära felfri sekvensering och minimala kvantifieringsbiaser. Metoden är flexibel och lätt att anpassa till en rad olika tillämpningar, såsom detektion av cirkulerande tumör-DNA i praktiskt taget vilken tumörtyp som helst, profilering av immunsystemets repertoar och detektion av miljö-DNA.

En viktig tillämpning är personliga SiMSen-Seq-paneler för detektion av cirkulerande tumör-DNA hos cancerpatienter, vilket möjliggör precisionsmedicin. Här sekvenseras patienterna vid diagnos med hjälp av helgenomsekvensering, hel exomsekvensering eller omfattande genpaneler. Sedan väljs patientspecifika mutationer ut och övervakas över tid.

Teknologin uppfanns av professor Anders Ståhlberg i samarbete med Tony Godfrey, Boston University (Ståhlberg et al., Nat Protocol 2017: PMID: 28253235) och den har hittills enbart tillhandahållits till utvalda forskningssamarbetspartners. För att kunna att kunna erbjuda denna toppmoderna teknik nationellt och underlätta dess införande i sjukvården integrerar vi nu SiMSen-Seq som en forskningstjänst i SciLifeLab Clinical Genomics-plattformen.

Under seminariet kommer du att introduceras till de teoretiska och praktiska aspekterna av unika molekylära identifierare (UMI) samt det optimerade arbetsflödet för flytande biopsier i en klinisk miljö. Vi kommer att visa användningen av digital sekvensering med flytande biopsier i cancerhantering och beröra framtida aspekter av digital sekvensering, inklusive multi-omik-tillvägagångssätt.