Grupp Carolina Guibentif

Sammanfattning av forskning

Vi studerar uppkomstmekanismer för transformation av blodstamceller före födelsen som en viktig orsak till barnleukemi. Grundläggande studier om hur prenatal hematopoes normalt sker och regleras på anatomiskt olika platser under olika faser av fostrets utveckling ingår i projektet. 

För mer information om vår forskning, se den engelska versionen av sidan.

Forskningsverktyg och resurser

Vår forskning involverar både musmodeller för utvecklingsbiologiska studier in vivo och experiment på humana pluripotenta stamceller. Framträdande tekniker som används är flerfärgflödescytometri för cellsortering, singelcellanalys av transkriptom och kromatinstillgänglighet samt hemapoetiska funktionsanalyser.

Nuvarande gruppmedlemmar

Carolina Guibentif, PhD, Forskargruppledare (Junior PI)
Anna Hogmalm, PhD
Pavan Kumar, PhD, Postdoc
Robel Tesfaye, PhD, Postdoc
Anuntxi Monsalve, PhD student

Utvalda publikationer

1. An atlas of rabbit development as a model for single-cell comparative genomics.
   Ton MN, Keitley D, Theeuwes B, Guibentif C, Ahnfelt-Rønne J, Andreassen TK, Calero-Nieto FJ, Imaz-Rosshandler I, Pijuan-Sala B, Nichols J, Benito-Gutiérrez È, Marioni JC, Göttgens B.Nat Cell Biol. 2023 Jul;25(7):1061-1072. doi: 10.1038/s41556-023-01174-0.
    

2. Stabilized mosaic single-cell data integration using unshared features.
   Ghazanfar S, Guibentif C, Marioni JC.Nat Biotechnol. 2023 May 25. doi: 10.1038/s41587-023-01766-z. 
    

3. Mesp1 controls the chromatin and enhancer landscapes essential for spatiotemporal patterning of early cardiovascular progenitors.
   Lin X, Swedlund B, Ton M-L N, Ghazanfar S, Guibentif C, Paulissen C, Baudelet E, Plaindoux E, Achouri Y, Calonne E, Dubois C, Mansfield W, Zaffran S, Marioni JC, Fuks F, Göttgens B, Lescroart F, Blanpain C. Nature Cell Biology. 2022 Vol. 24, issue 7, p1114-1128
    

4. Pyruvate metabolism guides definitive lineage specification during hematopoietic emergence.
   Oburoglu L, Mansell E, Canals I, Sigurdsson V, Guibentif C, Soneji S, Woods N-B. EMBO Reports. 2022 Vol.23, issue 2, e54384
    
5. Coordinated Changes in Gene Expression Kinetics Underlie both Mouse and Human Erythroid Maturation.
   Barile M, Imaz-Rosshandler I., Inzani I., Ghazanfar S., John C. Marioni, Guibentif C.*, Göttgens B*. Genome Biology. 2021 Vol. 22, issue 1, p197 (* co-corresponding authors)
    
6. Integration of spatial and single cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis. 
   Lohoff T., Ghazanfar S., Missarova A., Koulena N., Pierson N., Griffiths J.A., Bardot E., Eng C-H.L., Tyser R.C.V., Argelaguet R., Guibentif C., Srivinas S., Briscoe J., Simons B.D., Hadjantonakis A.K., Goettgens B., Reik W., Nichols J., Cai L., Marioni J.C. Nature Biotechnology. 2021
    
7. Diverse Routes towards Early Somites in the Mouse Embryo.
   Guibentif C.*, Griffiths J.A.*, Imaz-Rosshandler I., Ghazanfar S., Wilson V., Nichols J., Göttgens B., Marioni J.C. Developmental Cell. 2021 Vol. 56, issue 1, p141-153 (* equal contribution)
    
8. Single cell genomics and developmental biology: moving beyond the generation of cell type catalogues. (Review)
   Ton M-L N., Guibentif C., Göttgens B. Current Opinion in Genetics and Development. 2020 Vol. 64, p66-71
    
9. A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis.
   Pijuan-Sala B.*, Griffiths J.A.*, Guibentif C.*, Hiscock TW, Jawaid W, Calero-Nieto FJ, Mulas C, Ibarra-Soria X, Tyser RCV, Ho DLL, Reik W, Srinivas S, Simons BD, Nichols J, Marioni JC, Göttgens B. Nature. 2019 Vol. 566, issue 7745, p490-495 (* equal contribution)
    
10. Single-cell transcriptional profiling: a window into embryonic cell-type specification. (Review)
    Pijuan-Sala B., Guibentif C., Göttgens B. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2018 19(6):399-412
     
11. Blood: Education for stem cells. (News and Views)
    Guibentif C., Göttgens B. Nature. 2017; Vol. 545, issue 7655, p415-417
     
12. Single-Cell Analysis Identifies Distinct Stages of Human Endothelial-to-Hematopoietic Transition.
    Guibentif C., Rönn R.E., Böiers C., Lang S., Saxena S., Soneji S., Enver T., Karlsson G., Woods N.-B.  Cell Reports. 2017 Vol. 19, issue 1, p10–19

Fler publikationer från grupp Carolina Guibentif på PubMed