Studerar sockerarter med datorn som verktyg

Det var forskargruppen Bojar lab som lockade James Urban till Göteborg universitet. 

- Jag letade på många universitet innan jag hittade den inriktning jag var intresserad av.  

Forskargruppen ligger i framkant inom glykobiologi och använder maskininlärning och bioinformatik. Bojar lab undersöker bland annat glykaner, sockermolekyler som finns på ytan av proteiner.  

James Urban sökte och fick en doktorandtjänst hos Bojar lab. När han februari 2022 lämnade Storbritannien för Göteborg hade han aldrig varit i Sverige tidigare.  

- Covid hade inte riktigt släppt greppet ännu. Det var mörkt och kallt och en del bar fortfarande ansiktsmasker.  Men allt det där drev på mig att integrera och lära känna svenskarna. 

James Urban anmälde sig till SFI, svenska för invandrare, och började gå på gym för att prata svenska.  Idag har han ett brett kontaktnät med både svenskar och internationella studenter och forskare. 

- Jag har fått många nya vänner. Vi fikar, tar en öl, spelar spel, ser på film och äter middag hemma hos varandra.  

Han gillar att Bojar lab är en liten forskargrupp på fem personer. Det blir personligt och alla känner varandra väl.  

Precis som sin handledare arbetar James Urban uteslutande vid datorn. För jobbet behöver han data från de prover som kollegorna undersökt med masspektrometri i labbet. Resultaten visar vilka sockermolekyler som finns i proverna. Sedan är det James Urbans uppgift att spåra vidare med datorn. 

- Informationen ska tolkas och jag skriver datorprogram som kan undersöka detta. Det är en ganska komplicerad och tidskrävande uppgift.  

Mängder av sockermolekyler 

Det finns mängder av sockerarter och fler komplexa versioner av socker än vad många känner till. Med sin avhandling hoppas James Urban hitta samband mellan struktur och funktion hos olika sockerarter och kunna upptäcka intressanta, men knappt märkbara skillnader. 

- Det finns några väldigt, väldigt långa polysackarider med extremt långa repeterande, men enkelt uppbyggda, kedjor. Men vi är inte lika intresserade av dem som vi är av några av de mindre och mer komplexa molekylerna. 

Sockerarter är viktiga för alla arter och deras livsprocess. Det gäller såväl för ett litet virus som för en jättelik blåval. Sockerarter har betydelse för cellerna, för proteiner och för interaktioner och biologiska förlopp i kroppen. James Urban och hans forskarkollegor har bland annat studerat sockerarterna i bröstmjölk från olika djur. 

- Det är verkligen intressant att se de enorma skillnaderna mellan sockerarterna i bröstmjölken hos en människa kontra till exempel en delfin eller en noshörning, säger James Urban. 

Valde mellan läkare och programmerare 

I tonåren tvekade James Urban mellan läkare och programmerare. Valet föll på det senare och resulterade i en examen i bioteknik från Imperial College i London. Eftersom James Urbans föräldrar är italienare och han har ett EU-pass var det heller inga problem att söka sig till Sverige. Han är dessutom van att bo utomlands. När han var nio flyttade familjen till Zürich i Schweiz. Där bodde de i fyra år och James Urban lärde sig tyska.  

Nu bor han i Göteborg och trivs både med stan och forskningen vid Göteborgs universitet. 

- Jag lär mig nya saker varje dag på väldigt många olika plan och det känns verkligen kul, säger James Urban.