– Jag har en bakgrund inom molekylärbiologi och började min resa inom bioinformatik och genomik under min doktorandtid med professor Ann-Mari Svennerholm och professor Gordon Dougan (Wellcome Sanger Institute). Min expertis kombinerar molekylärbiologi och bioinformatik vilket gör det möjligt för mig att studera antibiotikaresistens på både molekylär- och genomisk nivå. Antibiotikaresistens har varit ett centralt fokus i vår genomanalys, där vi undersöker hur resistensmönster utvecklas över tid och mellan regioner, vilket ger värdefulla insikter i spridningen och utvecklingen av resistens, säger von Mentzer.
Utforskar bakteriespridning och genetisk mångfald genom genomik och AI
– Min forskning fokuserar på spridningen av patogena bakterier mellan värdar, både direkt och indirekt via miljön. Detta inkluderar inte bara bakteriespridning utan också överföring av genetiskt material, såsom plasmider och mobila element. Hittills har jag fokuserat på storskaliga genomiska analyser, inklusive fylogenetiska studier, jämförande genomik och maskininlärning.
– Vi använder maskininlärning för att analysera bakteriers genomkluster och tillämpar avancerade algoritmer för att studera både kärn- och tilläggsgenom, vilket hjälper oss att bättre förstå bakteriers mångfald och evolution.
I min nya roll kommer jag att fokusera mer på att använda AI för att förutsäga virulensfaktorer och identifiera nya E. coli-varianter. Vi kommer också att studera de genomiska egenskaper som avgör om en bakterie kan kolonisera en enskild värd eller flera värdar, såsom människor och grisar.
Globala samarbeten och mentorskap
– Jag har omfattande internationella samarbeten med Kenya, Zambia, Indien och Bangladesh som ger ett unikt nätverk till CARe. Vi får också tillgång till värdefulla prover och sekvensdata. Dessa partnerskap möjliggör studier om antibiotikaresistens i olika geografiska och socioekonomiska sammanhang, vilket är avgörande för att förstå den globala spridningen av resistens. Jag samarbetar också med Wellcome Sanger Institute i Cambridge, ett världsledande centrum för genomik, där jag är gästforskare.
– För att utnyttja dessa data på bästa sätt håller jag för närvarande på att bygga en sökbar E. coli-databas som inkluderar all sekvensdata jag har bidragit till eller analyserat. Denna databas kommer att vara en värdefull resurs för CARe och erbjuda snabb tillgång till omfattande genomdata relaterade till antibiotikaresistens. Mer information om denna databas och dess integration i CARes forskningsinfrastruktur kommer att delas snart.
Stärkt samarbete och innovation genom DDLS-programmet
– Jag ser fram emot att ansluta mig till ett sammansvetsat nätverk av unga forskare som navigerar mellan liknande utmaningar som jag inom akademin. Efter att ha deltagit i ett DDLS-retreat blev jag imponerad av den stödjande atmosfären inom gruppen.
Mer specifikt ser jag fram emot:
• Tvärvetenskapliga samarbeten: Jag har redan identifierat potentiella projekt med DDLS-fellows.
• Kompetensutveckling: DDLS erbjuder specialiserade kurser inom datadrivna livsvetenskaper, som min grupp kommer att dra nytta av.
• Mentorskap och nätverkande: Programmet ger tillgång till erfarna mentorer och ett brett nätverk inom livsvetenskaper, vilket är avgörande för min karriär.
• Resurser och infrastruktur: DDLS erbjuder tillgång till avancerad teknisk infrastruktur, vilket kommer att påskynda vår forskning.
– För doktorander och postdoktorer som ansluter sig till von Mentzer-labbet, är jag övertygad om att de kommer att dra nytta av DDLS-gemenskapen, få tillgång till kurser och delta i värdefulla utbyten. Detta kommer att stärka vår grupp och skapa en dynamisk forskningsmiljö.
Två doktorandtjänster och en postdoktjänst kommer att utlysas under hösten. Intresserade kandidater är välkomna att kontakta Astrid von Mentzer direkt!
