Sidans innehåll

Bioinformatik inom genomik

Kurs

BIO511

Avancerad nivå

15 högskolepoäng (hp)

Ges vid Institutionen för kemi och molekylärbiologi vid Fakulteten för naturvetenskap och teknik

Höst 2025

Studietakt

100%

Undervisningstid

Dag

Studieort

Göteborg

Undervisningsform

Campus

Undervisningsspråk

Engelska

Start/slut

1 sep 2025 - 4 nov 2025

Ansökningsperiod

17 mar 2025 - 15 apr 2025

Anmälningskod

GU-16096

Kursinnehåll

Kursplan

Ansök till kursen

Kort om kursen

På kursen i Bioinformatik inom genomik lär du dig att tillämpa bioinformatiska metoder för sekvensanalys för att förstå evolution och funktion hos genom-, gen- och proteinsekvenser. Du lär dig grunderna i programmeringsspråket Phyton samt sekvenserar och analyserar ett bakteriegenom på egen hand. Inga förkunskaper inom programmering behövs.

Om utbildningen

De senaste åren har sekvensering och andra storskaliga metoder för att studera biologiska processer blivit allt vanligare. Detta har lett till ett stort behov av kompetens i bioinformatik, det vill säga metoder för att analysera stora och komplexa datamängder.

I kursen Bioinformatik inom genomik får du en introduktion till bioinformatiska metoder och programmering. Fokus ligger på att tillämpa metoderna du lär dig för att analysera och jämföra DNA-sekvenseringsdata.

Kursens innehåll

Många bioinformatiska verktyg används i en command line-miljö. Därför får du en introduktion till Unix/Bash-programmering. Du lär dig även grundläggande Python-programmering med tillämpningar inom sekvensbioinformatik. Vi diskuterar god programmeringspraxis, delning av data och hur kvaliteten på databaser kan påverka resultat.

Kursen introducerar också olika sekvenseringsmetoder och går sedan djupare in på arbetsflöden för analys av DNA-sekvenseringsdata. Tyngdpunkten ligger på̊ praktiska övningar inom bioinformatik och programmering samt metodval utifrån de vetenskapliga frågeställningarna.

Under kursens gång får du sekvensera ett bakteriegenom och arbeta med din data. Du får använda de verktyg du har lärt dig och dra slutsatser om exempelvis art, antibiotikaresistens och virulensfaktorer.

Programmeringsövningar och en slutgiltig presentation av dina analyser av din egen sekvenseringsdata utgör examinationen.

Kursen är på engelska.

Behörigheter och urval

Behörighet

För tillträde till kursen krävs godkända kurser om minst 120 hp (eller motsvarande) inom något av följande områden: naturvetenskap (inklusive matematik), medicin och farmaci.

Dessutom krävs engelskakunskaper motsvarande nivå Engelska 6/Engelska Kurs B från Svenska Gymnasieskolan, eller certifiering via ett internationellt erkänt prov, till exempel TOEFL eller IELTS eller motsvarande.