Biomolecular NMR: Advanced Tools, protein dynamics

Plats och adress

Svenskt NMR-centrum vid Göteborgs universitet, Medicinaregatan 5C, 41390 Göteborg

Ta sig hit:
Från/till Landvetter flygplats. Flygbuss

För transport inom Göteborg, använd Västtrafiks app "Västtrafik To Go"

Målgrupp

Doktorander och forskare med projekt som involverar proteinkarakterisering med NMR.

Format

Föreläsningar, diskussioner och praktiska övningar. Föreläsningarna kommer delas som webinarier. Inspelningarna delas med registrerade deltagare kort efter varje session.

Webinarier
https://gu-se.zoom.us/j/63448914100?pwd=MmI5WTl3MkdRbTF1TGo4eDhScm5CQT09  Passcode: 991893

Organisatörer och kontaktinfo

Vladislav Orekhov, Göran Karlsson; Inst. för kemi och molekylärbiologi & Svenskt NMR-centrum, Göteborgs universitet
Kontakt: e-mail till bionmr.snc@gmail.com

Registrering

Kontakta bionmr.snc@gmail.com för registrering till föreläsningswebinarierna.

Information

Information e-mailas till registrerade deltagare och postas på https://www.gu.se/nmr/workshops-kurser-och-konferenser

Kurscertifikat och ECTS poäng

För att fullt godkännas på kursen behöver studenten delta på alla tutorialföreläsningar och praktiska övningar. En kort rapport behöver lämnas in efter varje tutorialföreläsning enligt repsektive instruktörs krav. Ett kursintyg kan efterfrågas efter att alla rapporter är godkända genom att e-maila bionmr.snc@gmail.com.

Program

Kurslärare

AB -    Andrew Baldwin (University of Oxford, UK)

GB -    Guillaume Bouvignies,  (Ecole Normale Superieure , Paris, France)

TB -    Théodore Bellon (Ecole Normale Superieure , Paris, France)

AJ -    Amir Jahangiri (University of Gothenburg, Sweden)

GK -    Göran Karlsson (Swedish NMR Centre, University of Gothenburg, Sweden)

IK -    Ilya Kuprov, (University of Southampton, UK)

MM -    Maxim Mayzel, (Buker Biospin, Switzerland)

LM -    Luca Mureddu (University of Leicester, UK)

VO -    Vladislav Orekhov (University of Gothenburg, Sweden)

AP -    Alexandra Pozhidaeva (University of Connecticut, Health Center, NMRbox, USA)

GV -    Geerten W. Vuister (University of Leicester, UK)

Ämnen

CCPN tools for protein NMR: assignment, dynamics, etc

Protein dynamics, theory and practical tools

ChemEx analysis of NMR chemical exchange data

SpinHub project

NMRbox tools

Experimental setup and analysis: Dynamic Centre and Python

AI in NMR spectra processing

Tid (CEST)    Titel    Typ    Lärare

Måndag 30 sept  Vladislav Orekhov, Göran Karlsson, Alexandra Pozhidaeva, Amir Jahangiri
  8.40 – 9.00    (on-site only) Registration and Coffee, setting up computers.
  9.00 – 10.50    Welcome, information & student presentations (3-5 min/student)    VO
10.50 – 11.10    Kaffepaus   
11.00 – 12.10    NMRbox: toolbox for structural biologists,
High Throughput Computing with HTCondor    Lecture    AP
12.20 – 13.00    Lunch        
13.00 – 14.40    NMRbox: AlphaFold and GROMACS tutorial    hands-on     AP
14.40 – 15.00    Kaffepaus   
15.00 – 18:00    AI in NMR spectra processing hands-on     VO, AJ

18:00– 19.30    (on-site only) Get-together     SNC    

Tisdag 1 okt  Geerten W. Vuister, Luca Mureddu
09.00 – 09.20    Introduction into CcpNmr,       Lecture    GV
09.20 – 10.50    CcpNmr Backbone Assignment Tutorial-part-1,     hands-on    GV,LM
10.10 – 10.30    Kaffepaus   
10.30 – 11.40    CcpNmr Backbone Assignment Tutorial-part 2,      hands-on     GV,LM
11:40 – 12.40    Introduction into NMR relaxation,       Lecture    GV

12.40 – 13.50    Lunch
        
13.50 – 14.40    CcpNmr Dynamics Tutorial-part-1,       hands-on     GV,LM
14.40 – 15.00    Kaffepaus   
15.00 – 17:30    CcpNmr Dynamics Tutorial-part-2,     hands-on     GV,LM

Onsdag 2 okt Ilya Kuprov, Mini-conference

08.40 – 09.30    From biological neuron to a digital one – how neural networks were invented    Lecture    IK

Minikonferens. Insights on  protein motions by NMR (2045 T Bjurström, Medicinareg. 3B)
Chair: Göran Karlsson (Swedish NMR Centre, University of Gothenburg, Sweden)
09.40 – 10.00    Kaffepaus
10.00 – 10.30    Title: TBA
Andrew Baldwin (University of Oxford, UK)
10.30 – 11.00    Illuminating the Unseen: NMR Approaches for Rare Protein States and Challenging Complexes
Guillaume Bouvignies, (Ecole Normale Superieure , Paris, France)
11.00 – 11.30    Protein NMR assignment by isotope pattern recognition
Ilya Kuprov, (University of Southampton, UK)
11.30 – 12.00    Assessing and exploiting conformational dynamics.
Geerten W. Vuister
12.00 – 13.00    Lunch
13.00 – 13.30    Title: TBA
Vladislav Orekhov (University of Gothenburg, Sweden)
13.30 – 14.00    NMRhub: Democratizing NMR
Alexandra Pozhidaeva (University of Connecticut, NMRbox, USA)
14.00– 14.30    Title: TBA
Björn Burmann (University of Gothenburg, Sweden)

Kursen fortsätter -----------------
Ilya Kuprov    
15.00 – 17.30    How to train and interpret a simple magnetic resonance data processing network    hands-on     IK

Torsdag 3 okt   Andrew Baldwin, Maxim Mayzel
09.00 – 09.50    SpinHub project        Lecture,     AB
09.50 – 10.10    Kaffepaus   
10.10 – 12.40    SpinHub project        hands-on     AB
12.40 – 14.00    Lunch        
14.00 – 14.50    Practical aspects of relaxation experiment setup, acquisition and analysis in Topspin and Dynamics Center, Lecture,             MM
14.50 – 15.10    Kaffepaus   
15.10 – 17.10    Practical aspects of relaxation experiment setup, acquisition and analysis in Topspin and Dynamics Center, hands-on,             MM

Fredag 4 okt  Guillaume Bouvignies
09.00 – 09.50    ChemEx: analysis of NMR chemical exchange data,    Lecture     GB
09.50 – 10.10    Kaffepaus   
10.10 – 12.30    ChemEx: analysis of NMR chemical exchange data    hands-on     GB, TB
12.40 – 13.30    Lunch        
13.40 – 16:00    Cleaning up hands-on reports        GB, AJ, MM, ??