Systembiologi

Kursen är en biologikurs på avancerad nivå som ingår i masterprogrammet i Bioinformatik. Kursen ges även som fristående kurs som kan ingå i t.ex. masterexamen i biologi, molekylärbiologi eller marinbiologi.

För tillträde till kursen krävs minst 120 hp (eller motsvarande) inom något av följande områden: medicin, farmaci, naturvetenskap (inklusive matematik).

Det krävs en grundläggande kodningsvana (rekommenderas: Python) såsom från kursen BIO511 (eller motsvarande).

Vidare rekommenderas kursen BIO512 (eller motsvarande).

Dessutom krävs engelskakunskaper till nivån Engelska 6/Engelska Kurs B från Svenska Gymnasieskolan, eller vara certifierad av ett internationellt erkänt prov, till exempel TOEFL eller IELTS eller motsvarande.

Kursen erbjuder en fördjupad kunskap av systembiologi, med fokus på olika "omics"-teknologier, såsom proteomik, som förlitar sig på masspektrometri för att mäta och kvantifiera biomolekyler, och deras tillämpningar i biologiska system, tex. som vid studier av cancer. Masspektrometri är en avancerad analytisk teknik som hjälper forskare att mäta och identifiera molekyler med hög precision. Under kursens gång kommer man att lära sig hur dessa masspektrometridata genereras och analyseras, särskilt inom områden som metabolomik (mätning av alla små molekyler i ett prov), glykomik (mätning av alla komplexa kolhydrater i ett prov), eller proteomik (mätning av alla proteiner i ett prov), samt lära sig om nyare metoder som encells-masspektrometri och maskininlärningsmetoder.

Kursen omfattar teoretisk och praktisk kunskap inom ämnen som sträcker sig från differentiella abundansanalyser (jämförelse av mängden molekyler mellan olika tillstånd), kompositionell dataanalys (förståelse av relativa proportioner av molekyler och hur dessa förändras vid sjukdom), till att kombinera olika typer av "omics"-data. Man kommer också att upptäcka hur maskininlärning kan hjälpa till att förstå biologiska interaktioner i praktiska projekt där man kommer att träna och använda sina egna modeller. Kunskapen som förvärvas i denna kurs används inom områdena molekylärbiologi, bioinformatik och systembiologi, och har betydelse för förståelsen av komplexa biologiska processer, sjukdomsmekanismer och potentiella terapeutiska interventioner. Praktiska moment inkluderar praktisk erfarenhet av systembiologisk dataanalys, till exempel för att ta reda på vilka molekyler som ändrar abundans mellan olika tillstånd, vilket ger väsentliga färdigheter för modern biologisk forskning.

Kursen är uppdelad i delkurser.

Delkurs 1; Systembiologi teori, 7,5 högskolepoäng

Delkurs 2; Systembiologi praktisk dataanalys, 7,5 högskolepoäng

Efter genomgången kurs kommer studenten att kunna:

Kunskap och förståelse

• Förklara hur masspektrometridata genereras, bearbetas och analyseras
• Lista bioinformatiska metoder som används vid analys av systembiologiska data
• Integrera omicsdata för att modellera biologiska system
• Förklara egenskaper hos masspektrometridrivna systembiologidata (t.ex. proteomik, glykomik, metabolomik)

Färdigheter och förmåga

•  Sammanfatta och presentera vetenskapliga artiklar
• Utföra gemensamma analyser av systembiologiska data
• Välja lämplig statistisk metod för att besvara forskningsfrågor inom systembiologi
• Ändra vanliga bioinformatiska arbetsflöden inom systembiologi för att passa specifika fall
• Använda och skriva Python-kod för att analysera systembiologiska data
• Tillämpa maskininlärning/AI för att förstå biologiska interaktioner

Värderingsförmåga och förhållningssätt

• Problematisera vilken information och begränsningar olika mätningar och analyser inom systembiologi innehåller
• Bedöma kvaliteten på en masspektrometri-härledd systembiologidatauppsättning
• Utforma lämpliga analysarbetsflöden för att analysera och visualisera systembiologiska data
• Utvärdera betydelsen av egna och andras vetenskapliga resultat inom systembiologi

Delkurs 1; Delkursen bygger på föreläsningar och seminarier för att presentera och diskutera litteratur.

Obligatoriska moment i kursen är seminarierna, som framgår av kursschemat.

Delkurs 2; Delkursen är baserad på praktiska sessioner för att utforska och analysera systembiologiska data.

Obligatoriska moment i kursen är de praktiska momenten, som framgår av kursschemat.

Delkurs 1; Kursen avslutas med en skriftlig tentamen som omfattar hela kursen. Dessutom ingår litteraturseminarier som inkludera presentationer samt aktivt deltagande

Delkurs 2; En rapportinlämning (inklusive kod) av den praktiska sessionen

Om en student som har underkänts två gånger på samma examinerande moment önskar byta examinator inför nästa examinationstillfälle ska en sådan begäran bifallas om det inte finns särskilda skäl däremot (6 kap. 22 § HF).

Om en student har fått besked om pedagogiskt stöd från Göteborgs universitet med rekommendation om anpassad examination och/eller anpassad examinationsform kan examinator, i det fall det är förenligt med kursens lärandemål och förutsatt att inte orimliga resurser krävs, besluta att bevilja studenten anpassad examination och/eller anpassad examinationsform.

Om en kurs har avvecklats eller genomgått en större förändring ska studenten erbjudas minst två examinationstillfällen, utöver ordinarie examinationstillfälle. Dessa tillfällen fördelas under en tid av minst ett år, dock som längst två år efter det att kursen avvecklats/förändrats. Vad gäller praktik och verksamhetsförlagd utbildning (VFU) gäller motsvarande, men med begränsning till endast ett ytterligare examinationstillfälle.

Om en student har fått besked om att denne uppfyller kraven för att vara student vid Riksidrottsuniversitetet (RIU-student) har examinator rätt att besluta om anpassning vid examination, om detta görs i enlighet med Lokala regler gällande RIU-studenter vid Göteborgs universitet.

Delkurs 1; Betygsskalan omfattar: Väl Godkänd (VG), Godkänd (G), och Underkänd (U).

Krav för Godkänd (G) är 60 % av totalpoäng och för Väl Godkänd (VG) 85 % av totalpoäng för skriftlig tentamen. Dessutom krävs godkänt på litteraturseminarierna.

Delkurs 2; Betygsskalan består av: Godkänd (G) och Underkänd (U).Krav för Godkänd (G) är 60 % av totalpoäng på inlämnad rapport.

Slutbetyg; För godkänd kurs krävs 60% av total poäng för den teoretiska tentamen. För betyget Väl godkänd krävs 85% rätt på den teoretiska delen. Dessutom krävs betyget G på litteraturseminarierna och godkänd Delkurs 2 för slutbetyg.

Resultatet och eventuella förändringar i kursens upplägg ska förmedlas både till de studenter som genomförde värderingen och till de studenter som ska påbörja kursen.