Nätverk
Svenskt NMR-centrum är delaktigt i ett flertal nätverk, nationella och internationella.
Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
På SciLifeLab kretsar verksamheten kring life science – livsvetenskap ett globalt viktigt och välinvesterat forskningsfält som gör skillnad inom områden som hälsa, miljö och klimat. Vi har tagit ett nytt grepp. Vi flätar samman flera av de komponenter som behövs för att möta de samhällsutmaningar vi står inför: högteknologiska analysmetoder, hantering av stora mängder forskningsdata och tvärvetenskapliga samarbeten.
Svenskt NMR-centrum är en del av plattformen Integrated Structural Biology (ISB) på SciLifeLab, en forskningsinfrastruktur med fokus på proteinstruktur, dynamik, och molekylära interaktioner. SNC har varit en del av SciLifeLab sedan 2016 och erbjuder förutom strukturbiologiaktiviteten även service för NMR-baserad metabolomik. Support för projekt söks genom hemsidan nmraccess.se.
Relevanta SciLifeLab-länkar
SwedNMR
SwedNMR är ett nationellt NMR-nätverk som kopplar samman laboratorier i Sverige, med syfte att tillgängliggöra varje sajts unika instrumentering och expertis till en bredare användarbas. SwedNMR erbjuder kurser och workshops inom alla aspekter av NMR-spektroskopi för en större publik men kan också kontaktas för individuell support.
Support för projekt sökes genom hemsidan nmraccess.se.
Göteborg
SNC i Göteborg har 7 spektrometrar mellan 400 och 900MHz som är tillgängliga för såväl akademiska som industriella användare. Vi erbjuder också expert-support inom områdena strukturbiologi, metabolomics och DNP.
Spektrometrarna har alla dedikerade användningsområden:
- 400 (pink): Fast-fas DNP, mestadels för farmaceutiska applikationer men också materialvetenskap.
- 600B IVDr (white): Metabolomics enligt IVDr standard.
- 600#2 (violet) med 31P och 19F detektion, används som walk-up system för organisk kemi men även för in-cell NMR.
- 700 (green) med QCIP kallprob för mätningar med 1H-19F korrelationer, lämplig för fragmentbaserad screen av fluorinnehållande föreningar.
- 800#1 (indigo) med 3mm kallprob för att ha största möjliga känslighet.
- 800#2 (red) med TXO kallprob för överlägsen 13C direkt detektion.
- 900 (blue) med 3mm kallprob är den absolut känsligaste magneten.
Umeå
Umeå universitet erbjuder både lokala och nationella användare tillgång till spektrometrar i ett spann från 400MHz till 850MHz, med ett tydligt fokus på fast-fas NMR. För att möjliggöra detta har UmU bästa möjlig utrustning i form av en Cryo-MAS probe (600MHz) och en 0.7mm MAS probe (850MHz). Support erbjuds till projekt inom materialvetenskap, metabolomics, strukturbiologi och kemisk biologi.
Uppsala
Uppsala Universitet erbjuder tillgång till NMR spektrometrar i området 400-600MHz för både akademiska och industriella användare såväl som nationella och internationella. Nodens expertis ligger inom småmolekyls-NMR (Erdelyi), NMR-studier av RNA (Petzold) samt studier av proteiner och dess komplex (Alderson).
Lund
Lunds Universitet är en expertnod inom modulen ’Biomolecular NMR’ med fokus på utveckling och användning av NMR-relaxationsmetoder med syfte att studera proteiners dynamik. Lunds Universitet har 500MHz, 600MHz och 800MHz spektrometrar.
Relevanta SwedNMR-länkar
PANACEA
PANACEA, Pan-European solid-state NMR Infrastructure for Chemistry-Enabling Access, sammanför åtta nationella NMR infrastrukturer, sju europeiska och en amerikansk. PANACEA erbjuder alla användare upp till två veckors gratis tillgång till en av 27 NMR spektrometrar, med fältstyrka upp till 1500 MHz. PANACEA främjar även forskningsverksamhet inom utveckling av DNP (dynamic nuclear polarization)-metoder och instrumentering samt inom nya applikationer på kemiområdet för ultra-hög magnetisk fältstyrka kombinerat med ultra-snabb MAS (magic angle spinning) fastfas-NMR. PANACEA driver också utvecklandet av en gemensam digital plattform med integrerad programvara för analys och hantering av fastfas-NMR data.
Svenskt NMR centrum erbjuder, som en del av PANACEA, våra användare upp till två veckors gratis tillgång till vårt 400 MHz DNP – NMR instrument, med tillhörande expertstöd. Inom PANACEAs forskningsverksamhet medverkar vi i etableringen av en unik tre-kanalig, lågtemperatur fastfas DNP – NMR prob med separerade kanaler för 1H och 19F Larmorfrekvenserna. Denna prob, tillgänglig på Svenskt NMR centrum från 2024, kommer att användas för utredning av farmakologiska formuleringar och för detektion av 19F-bärande molekyler och läkemedel inuti levande, nedfrusna celler.
Länk till PANACEA
Mer information om 1H19F-proben tillgånglig på SNC från 2024
Remote NMR (R-NMR)
Remote NMR (R-NMR) är ett EU Horizon-finansierat projekt med 26 involverade europeiska grupper/enheter so siktar mot att designa och leverera en plattform för fjärråtkomst till NMR-forskningsinfrastrukturer.
Projektet ämnar etablera ett inkluderande nätverk av olika NMR-infrastrukturer i hela Europa. En del är att undersöka om och hur fjärråtgång är önskvärt och möjligt i den vidare NMR-communityn, implementera GDPR-rutiner och implementera protokoll för datalagring och provtransport.
Proteinproduktion Sverige (PPS)
Proteinproduktion Sverige (PPS) är en nationell, VR-finanserad distribuerad infrastruktur med syfte att kunna leverera högkvalitativa proteiner för forskning. PPS ger tillgång för forskare till en bred palett av olika expressionssystem, vilket möjliggör en matchning av det aktuella projektet med mest lämpl produktionsmetodologi.
Svenskt NMR-centrum erbjuder som en del av PPS tillgång till och support med cellfri proteinsyntes, framför allt för isotopmärkningssyften.
Expressionssystem inom PPS
- Escherichia coli-baserad produktion på Protein Science Facility vid KI i Stockholm eller på Proteinexpertisplattformen vid Umeå universitet
-
Mammaliecellbaserad produktion på Mammalian Protein Expression vid Göteborgs universitet eller på Protein Factory vid KTH
-
Baculovirisdriven expression och deutereringsexpertis på Lund Protein Production Platform vid Lunds universitet
-
Pichia pastoris-baserad produktion på Inst. för Kemi och Molekylärbiologi vid Göteborgs universitet
-
Cellfri proteinsyntes och isotopmärkning på Svenskt NMR-centrum vid Göteborgs universitet
Chemical Biology Consortium Sweden (CBCS)
CBCS, Chemical Biology Consortium Sweden, är en nationell infrastruktur som erbjuder svenska forskare fenotypisk screening av mindre molekyler i celler och modellorganismer. CBCS arbetar också med bildbaserad profilering av infärgade celler, fragmentbaserad screening med NMR, biokemiska assays och automatiserad elektrofysiologisk patch clamp teknik, allt i syfte att ge en så detaljerad bild som möjligt av vad som styr specifika biologiska processer. CBCS erbjuder även expertstöd inom beräkningskemi och organisk syntes. Vidare tillhandahåller CBCS ett uppdaterat bibliotek innehållandes över 300’000 molekyler lämpliga för screening, samt tillgång till biologiska labb med skyddsnivå BSL-2 och 3 för screening av patogener.
Svenskt NMR centrum hyser en av noderna inom CBCS infrastruktur, utlokaliserad vid sex svenska lärosäten. Vi jobbar nära lokala forskargrupper och fokuserar på uppsättning och vidareutveckling av småskaliga bioassays för att befästa att de fungerar i microtitrerformat. Med en robust assay kan användaren sedan fortsätta med storskaliga fenotypisk eller biokemisk screening med CBCS 37’000 stora basset av lämpliga screeningsubstanser. Svenskt NMR centrum tillsammans med CBCS erbjuder också detektion av protein – ligand interaktioner genom fragmentbaserad screening med NMR, med bibliotek tillgängliga genom CBCS eller lokalt, även med användares egna substansbibliotek.
För mer information, kontakta weixiao.yuan.wahlgren@gu.se
